Pour mieux comprendre cela, vous devez d’abord savoir ce qu’est RT-qPCR et quelle est la différence avec la PCR conventionnelle.

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• Ct: threshold cycle
• Cq: quantification cycle
• Cp: crossing point
• TOP: take-off point

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Avec la PCR, ce phénomène n’est pas sans conséquence . Après tout, il s’agit d’une technique d’amplification, une méthode de mesure qui amplifie systématiquement le signal. Pas simplement amplifié, mais exponentiellement amplifié. Si on amplifie assez longtemps (augmenter le nombre de cycles), le signal de bruit dépassera le threshold et donc l’echantillon semblera positif.

C’est pourquoi nous nous arrêtons (par convention) à 40 cycles à quel moment l’echantillon est considéré comme négatif.

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De nouveau, pas sans nuance.

Comme indiqué précédemment, le prélèvement est critique. Lorsque les valeurs Ct sont suivies dans le temps à l’aide d’échantillons prélevés par écouvillonnage, cette comparaison n’est pas évidente. C’est vrai, la durrée, la position, le profondeur d’echantillonage, … tout compte.

Dans le cas de sang, cela est beaucoup moins important. Nous pouvons supposer sans risque que le sang est un mélange assez homogène et que la méthode d’échantillonnage a beaucoup moins d’influence sur le résultat.

Il y a aussi un côté plus philosophique à l’attitude qu’on devrait adopter pendant la surveillance, et cela en général. La surveillance signifie avant tout “observation”. Une seule valeur aberrante en haut ou en bas doit être remarquée et vérifiée, mais sans tirer de conclusions prématurées et sans apporter automatiquement de changements au traitement. C’est la tendance au fil du temps sur de nombreux points de mesure qui indique d’où va-t-il aller, pas le dernier point de mesure et certainement pas si vous avez seulement deux.

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Les maladies infectieuses sont des processus complexes dans lesquels des caractéristiques du pathogène jouent un rôle importent (type de germe, présence et activation des facteurs de virulence, et la dose d’infection) à côté des traits de son hôte(l’âge, l’immunité, des comorbidités, la prédisposition génétique,…lorsque tout ce qui précède a également une influence sur l’autre). Certains pathogènes conduisent presque toujours à la maladie, d’autres dans certaines circonstances, parfois seulement quelques particules sont suffisantes, parfois il faut de millions. Donc non, il est inutile de comparer des valeurs Ct entre des germes.

Qu’en est-il d’une maladie infectieuse particulière dont les caractéristiques et le rôle des facteurs hôtes sont plus ou moins connus (p. ex., la COVID chez les humains, l’herpès chez les chevaux, etc.)?

De nouveau, pour effectuer le point de comparaison tous les facteurs pouvant provoquer une variation de la valeur Ct en dehors du patient doivent être désactivés (même technique de prélèvement, même laboratoire, même méthode d’analyse, …). Deuxièmement, il faut également avoir une idée claire dustade du processus de la maladie. Il y aura très peu de particules infectieuses au début et à la fin d’une infection. Dans les deux cas, la valeur Ct peut être la même. De plus, un échantillon n’est représentatif que du moment où il est prélevé, quelques heures plus tard le résultat peut être différent.

Prétendre qu’un patient avec une valeur Ct élevée est moins contagieux qu’un patient avec une valeur faible n’est qu’une demi-vérité. Au moment du prélèvement, cela peut être vrai. Mais le lendemain, par exemple, ce n’est plus le cas.

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Une méthode normalisée (c.-à-d. la même méthode d’extraction, les mêmes réactifs, le même cycle de réaction) devrait théoriquement produire environ la même valeur Ct.

Ce n’est presque jamais le cas. Non seulement il y a toujours des différences techniques (autres réactifs, autre équipement, autre protocole d’amplification, autre méthode d’extraction), la valeur Ct est seulement aussi fiable que le prélèvement. Le prélèvement, le transport et la méthode de conservation (la phase pré-analytique) peuvent faire toute la différence.

Un échantillon incorrect ou de moindre qualité obtiendra bien sûr un score plus élevé ou négatif par rapport à un échantillon correctement prélevé. Idem pour un échantillon mal conservé ou agé. Il est souvent difficile d’obtenir un échantillon identique. Deux échantillons de sang prélevés en même temps devraient avoir un contenu identique. De deux écouvillons, c’est beaucoup moins évident. Un peu plus profond, un peu plus à gauche ou à droite peut produire un rendement significativement différent.

En laboratoire on peut comparer les valeurs Ct par example pour évaluer le rendement des méthodes d’extraction differentes, l’efficacité des combinaisons primers-sondes, protocoles PCR, etc.

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