Non.
Une méthode normalisée (c.-à-d. la même méthode d’extraction, les mêmes réactifs, le même cycle de réaction) devrait théoriquement produire environ la même valeur Ct.
Ce n’est presque jamais le cas. Non seulement il y a toujours des différences techniques (autres réactifs, autre équipement, autre protocole d’amplification, autre méthode d’extraction), la valeur Ct est seulement aussi fiable que le prélèvement. Le prélèvement, le transport et la méthode de conservation (la phase pré-analytique) peuvent faire toute la différence.
Un échantillon incorrect ou de moindre qualité obtiendra bien sûr un score plus élevé ou négatif par rapport à un échantillon correctement prélevé. Idem pour un échantillon mal conservé ou agé. Il est souvent difficile d’obtenir un échantillon identique. Deux échantillons de sang prélevés en même temps devraient avoir un contenu identique. De deux écouvillons, c’est beaucoup moins évident. Un peu plus profond, un peu plus à gauche ou à droite peut produire un rendement significativement différent.
En laboratoire on peut comparer les valeurs Ct par example pour évaluer le rendement des méthodes d’extraction differentes, l’efficacité des combinaisons primers-sondes, protocoles PCR, etc.