Profil ADN SNP (ISAG 2020) + Pedigree Chien

Q: Combien de temps prend l’analyse du contrôle de pedigree?

2 semaines, si un profil ISAG valide est disponible des deux parents. La procédure peut prendre plus de temps si un profil est absent d’un ou des deux parents; action : vous recevrez un email avec la demande de transmettre un profil ISAG valide. le prélèvement d’un ou de plusieurs animaux est inadéquat; action : vous recevrez un nouveau kit de prélèvement accompagné d’une demande de reprélever les animaux en question. Si le nouveau prélèvement s’avère également inadéquat, un échantillon de sang EDTA sera demandé. Aucun kit n’est envoyé pour cela; tout ce qu’il faut fait partie de l’équipement standard de votre vétérinaire.

Profil ADN SNP (ISAG 2020) + Pedigree Chien

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Espèce cible et races

Chien

Toutes les races

Prélèvement

Ecouvillon génétique
EDTA sang complet

Délai

14 jours

Catégorie

Génétique, bilans

Code

H3209

Analyses

Profil ADN SNP (ISAG 2020)

1-1 Pedigree (1)

Quelle est la différence entre ISAG 2006 et 2020?Tom Nagels2024-12-05T15:45:45+01:00

Quelle est la différence entre ISAG 2006 et 2020?

ISAG 2006 STR

Cette série utilise 21 marqueurs STR (Short Tandem Repeats), de courts morceaux d’ADN qui se répètent et dont la longueur totale peut varier d’un individu à l’autre. Limitations

Informations génétiques limitées: Avec seulement 21 marqueurs, l’application est limitée à l’établissement de la paternité/maternité/parentalité.
Filiations « problématiques »: Dans certains cas, un profil ADN de la mère est néanmoins nécessaire pour confirmer la paternité.

ISAG 2020 SNP

Cette série utilise 230 marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism), des nucléotides uniques situés à des endroits bien définis du génome et répartis sur l’ensemble des chromosomes, qui peuvent différer d’un individu à l’autre. Avantages

Résolution plus élevée: étant donné le plus grand nombre de marqueurs, les SNP offrent un profil génétique plus complet.
Plus stable: les SNP souffrent généralement moins de mutations spontanées que les STR et donnent donc des résultats plus cohérents.
Application plus large: les SNP peuvent être utilisés en plus de la filiation pour l’identification de la race, la vérification de la fratrie et le calcul de l’hétérozygotie et du coefficient de consanguinité.

Un profil ISAG 2006 peut-il être converti en profil ISAG 2020 ?Tom Nagels2024-12-04T15:09:02+01:00

Un profil ISAG 2006 peut-il être converti en profil ISAG 2020 ?

Non, les deux profils sont basés sur des technologies complètement différentes.

Pour la vérification de la filiation, les profils ISAG 2006 ne peuvent être comparés qu’avec d’autres profils ISAG 2006 et les profils ISAG 2020 ne peuvent être comparés qu’avec des profils ISAG 2020.

En outre, pour la vérification de la filiation, Zoolyx, VHL et Certagen acceptent certains profils ISAG 2020 émis par l’un de ces trois laboratoires.

Chiot	Parents	Vérification du pedigree
ISAG 2006	ISAG 2006 (Tout labo)	Possible
ISAG 2006	ISAG 2020 (Tout labo)	Impossible, commandez pour le chiot H3209 ISAG 2020
ISAG 2020 (Zoolyx/VHL/Certagen)	ISAG 2020 (Zoolyx/VHL/Certagen)	Possible
ISAG 2020 (Zoolyx/VHL/Certagen)	ISAG 2020 (Autre labo)	Impossible, commandez pour les parents H3200 ISAG 2020
ISAG 2020 (Zoolyx/VHL/Certagen)	ISAG 2006 (Tout labo)	Impossible, commandez pour les parents H3200 ISAG 2020
Pas de profil	ISAG 2006 (Tout labo)	Commandez pour le chiot H3201 ISAG 2006 ou H3204 ISAG 2006+2020 si futur animal reproducteur
Pas de profil	ISAG 2020 (Zoolyx/VHL/Certagen)	Commandez pour le chiot H3209 ISAG 2020
Pas de profil	ISAG 2020 (Autre labo)	Commandez pour le chiot H3209 ISAG 2020 et pour les parents H3200 ISAG 2020
Pas de profil	Pas de profil	Commandez pour le chiot H3209 ISAG 2020 et pour les parents H3200 ISAG 2020

Voici les instructions pour l’échantillonnage de l’ADNTom Nagels2024-12-06T00:01:43+01:00

Voici les instructions pour l’échantillonnage de l’ADN

Nous avons des instructions disponibles en plusieurs langues, vous pouvez les télécharger ici:

Télécharger (Français)

Télécharger (Anglais)

Télécharger (Nederlands)

Qu’est-ce qu’un profil génétique ISAG valide (chien)?Tom Nagels2024-12-06T00:09:05+01:00

Qu’est-ce qu’un profil génétique ISAG valide (chien)?

La Société Internationale de Génétique Animale (ISAG) définit la méthode et l’ensemble des marqueurs génétiques utilisés au niveau international pour vérifier la filiation des animaux. Pour les chiens, deux systèmes sont actuellement en place: ISAG 2006 et ISAG 2020. Ils ne sont PAS interchangeables. Le système ISAG 2006 sera progressivement abandonné.

ISAG 2006

Cette série utilise 21 marqueurs STR (Short Tandem Repeats), de courts morceaux d’ADN qui se répètent et dont la longueur totale peut varier d’un individu à l’autre.

AHT121	INRA21
AHT137	INU005
AHTh130	INU030
AHTh171	INU055
AHTh260	REN105L03
AHTk211	REN162C04
AHTk253	REN169D01
AMELOGENIN (*)	REN169O18
CXX279	REN54P11
(FH2054) (**)	REN64E19
FH2848	REN247M23

(*) le marqueur de sexe (**) a été supprimé fin 2017 et n’est plus pris en compte.

Un profil ISAG 2006 valide

est facile à lire, tous les chiffres doivent être lisibles sans ambiguïté;
décrit les allèles des marqueurs sous la forme d’un nombre (par exemple 220/224). Le marqueur AMELOGENIN peut être indiqué comme X/X ou X/Y (ou Y/X);
contient 22 (y compris FH2054) ou 21 marqueurs (à l’exclusion de FH2054) se compose d’au moins 20 marqueurs avec résultat (à l’exclusion de FH2054).

ISAG 2020

Cette série utilise 230 marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism), des nucléotides uniques situés à des endroits bien définis du génome et répartis sur tous les chromosomes, qui peuvent différer d’un individu à l’autre. L’ensemble se compose de deux panels, un panel standard dont les marqueurs sont présentés dans le tableau ci-dessous et un panel d’extension (non illustré) utilisé pour la filiation lorsque le panel standard ne fournit pas une certitude suffisante et pour le calcul de la variation génétique et des coefficients de consanguinité. Le résultat de chaque marqueur est le nucléotide (A, T, C ou G) présent sur un chromosome et sur l’autre. Par exemple A/G.

AH0JFQR	BICF2G630111735	BICF2P1159837	BICF2P65087	BICF2S23648905
AH0JFQS	BICF2G630122583	BICF2P1192522	BICF2P728698	BICF2S23713161
AH1SDW1	BICF2G630133028	BICF2P1216677	BICF2P774003	BICF2S23737033
AH1SDWZ	BICF2G630149030	BICF2P1226745	BICF2P805553	G1425f16S28
AH3999C	BICF2G630159183	BICF2P1308802	BICF2P878175	P14
AH704R2	BICF2G630200354	BICF2P1344095	BICF2P885380	P24
AH892YB	BICF2G630209373	BICF2P1346673	BICF2P935470	P27
AHBKGAB	BICF2G630220326	BICF2P1357746	BICF2P990814	P30
AHBKGAE	BICF2G630271966	BICF2P1454500	BICF2P998036	P37
AHCTEGK	BICF2G630276039	BICF2P157421	BICF2S22943825	P41
AHD2CMU	BICF2G630326688	BICF2P182473	BICF2S23018785	P54
AHFBAS1	BICF2G630409193	BICF2P237994	BICF2S23049416	P55
AHGJ8ZA	BICF2G630437783	BICF2P251850	BICF2S23111132	P65
AHHS65F	BICF2G630552597	BICF2P277987	BICF2S23124313	P73
AHKA3HV	BICF2G630558437	BICF2P347679	BICF2S23126079	P80
AHMSZUB	BICF2G630594648	BICF2P382742	BICF2S23214514	P87
AHPAV6S	BICF2G630634836	BICF2P516667	BICF2S23246455	P88
AHPAV6U	BICF2G630653298	BICF2P554817	BICF2S23326150	TIGRP2P316532_rs8597522
AHRSSI9	BICF2G630689403	BICF2P561057	BICF2S23329382	TIGRP2P356245_rs8830240
AHUAOVN	BICF2G630708384	BICF2P600196	BICF2S2338108	TIGRP2P362535_rs9130694
AHVJM1W	BICF2G630798972	BICF2P615597	BICF2S23449478	TIGRP2P372104_rs9153277
Amelogenin	BICF2P1010945	BICF2P624936	BICF2S23535154	TIGRP2P407751_rs8803124
BICF2G630102146	BICF2P105070	BICF2P635478	BICF2S236196

Pour la vérification de la filiation, Zoolyx, VHL ou Certagen n’acceptent que les profils ISAG 2020 délivrés par l’un de ces trois laboratoires.

Combien de temps prend l’analyse du contrôle de pedigree?Tom Nagels2024-12-06T00:01:56+01:00

Combien de temps prend l’analyse du contrôle de pedigree?

2 semaines, si un profil ISAG valide est disponible des deux parents.

La procédure peut prendre plus de temps si

un profil est absent d’un ou des deux parents;
action: vous recevrez un email avec la demande de transmettre un profil ISAG valide.
le prélèvement d’un ou de plusieurs animaux est inadéquat;
action: vous recevrez un nouveau kit de prélèvement accompagné d’une demande de reprélever les animaux en question. Si le nouveau prélèvement s’avère également inadéquat, un échantillon de sang EDTA sera demandé. Aucun kit n’est envoyé pour cela; tout ce qu’il faut fait partie de l’équipement standard de votre vétérinaire.

L’animal est décédé sans profil ADN. Que faire?Tom Nagels2024-12-06T00:02:04+01:00

L’animal est décédé sans profil ADN. Que faire?

Si un animal parent est décédé avant qu’un profil ADN ISAG compatible soit établi, il reste deux possibilités.

Il y a encore du matériel disponible.

Le profil ADN peut être établi sur la base de sperme (congelé) ou d’une biopsie.

Des brosses, jouets, colliers et autres objets personnelles, ainsi que du sang ou d’urine NE SONT PAS appropriés. La méthode d’analyse est optimisée pour les types de prélèvement purs. Des prélèvements contaminés nécessitent des techniques médico-légale qui sont beaucoup plus coûteuses sans aucune garantie de résultat.

Aucun échantillon n’est disponible.

Si le corps (ou le sperme) n’est plus disponible, le profil peut être reconstruit sur la base de:

le profil des DEUX parents de l’animal décédé
et plusieurs chiots dont l’animal décédé est considéré comme parent

Un profil reconstruit n’est pas toujours complet et contient des incertitudes. Plus de descendants (chiots) impliqués dans la reconstruction, plus le profil est correct et plus sûr la descendance.

Quelles sont les règles pour le contrôle de pedigree?Tom Nagels2024-12-06T00:02:12+01:00

Quelles sont les règles pour le contrôle de pedigree?

Le pedigree est accepté et rapporté comme étant JJJ si les situations suivantes apparaissent dans les 21 marqueurs examinés de la progéniture:

un pedigree concluant: de tous les marqueurs de la progéniture un allèle se retrouve chez le père et l’autre chez la mère.

p.ex. pedigree concluant

un décalage est accepté: un allèle d’un marqueur ne se retrouve pas chez un des parents.

p.ex. un décalage par rapport au père

Lorsque deux ou plusieurs marqueurs échouent, le pedigree est rejeté et rapporté comme

JN = le père ne peut être exclu, la mère est exclue

p.ex. 4 marqueurs échouent par rapport à la mère

NJ = le père est exclu , la mère ne peut être exclue
NN = père et mère sont exclus

Dans le cas aucun autre parent n’est éligible, le profil de l’animal parent présumé peut être rétablis par un nouveau prélèvement pour exclure des erreurs dans son profil initial.

Important: le pedigree se fait pour toute la nichée. Autant qu’un des chiots ne se qualifie pas, le pedigree des autres chiots, même qualifiés, ne sera pas validé.

Le pedigree de mes chiots/chatons ne qualifie pas. Et maintenant?Tom Nagels2024-12-11T09:26:25+01:00

Le pedigree de mes chiots/chatons ne qualifie pas. Et maintenant?

Pour prouver la descendance, certaines règles doivent être respectées.

Les causes les plus fréquentes d’un rejet (provisoire) sont les suivantes:

vraiment un autre père ou un double accouplement (certaines races sont notoires pour cela)
une erreur dans deux ou plusieurs marqueurs du profil d’un ou des deux parents
des mauvais parent(s) spécifié lors de la déclaration de la nichée
le profil d’un ou des deux parents n’est pas ISAG compatible
en cas de nichées simultanées, les chiots/chatons qui ont rampé dans une autre nichée
en cas de prélèvement de nichées multiples en même temps, confusion des chiots/chatons d’une portée avec une autre

Le sexe sur le certificat de pedigree n’est pas correct (chien). Comment est-ce possible?Tom Nagels2024-12-11T10:47:19+01:00

Le sexe sur le certificat de pedigree n’est pas correct (chien). Comment est-ce possible?

Chez le chien le sexe sur le certificat est déterminé par le marqueur AMELOGENIN.

Sexe	STR, en lettre	STR, en chiffre	SNP
Mâle	X/Y ou Y/X	182/217	A/G
Femelle	X/X	217/217	G/G

Le sexe transmis à la déclaration n’est pas pris en compte. L’ADN présent dans le tube d’une part et le numéro de puce (ou autre identification) sur le même tube d’autre part sont inextricablement liés. Lorsqu’il s’écarte du vrai sexe, un échange lors du prélèvement ou de la réception des prélèvements est à exclure.

Et maintenant?

Tout d’abord, les données d’analyse brutes seront revues pour voir si les signaux ont bien été interprétés. Le cas échéant, bien sûr, il sera corrigé sans frais supplémentaires.

Dans le cas d’un échange non seulement le sexe est faux mais le profil entier. Le mauvais animal était après tout lié au mauvais tube.

Nous vérifions l’identification des tubes d’origine et les échantillons sont analysés à nouveau. Après il reste deux possibilités:

1. La réanalyse entraîne un autre profil (et sexe). L’erreur s’est produite avec la réception des échantillons. Elle est corrigée sans frais supplémentaires.
2. La réanalyse entraîne un même profil (et sexe). L’erreur s’est produite pendant le prélèvement. Elle ne peut pas être corrigée sans un nouveau prélèvement à ses frais.

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