Beide technieken maken gebruik van primers die een stukje genetische code kenmerkend voor wat men zoekt in het staal detecteert. Het verschil bij RT-qPCR is het bijkomend gebruik van een fluorescent gelabelde probe. Deze probe, eveneens kenmerkend voor het gezochte, bindt zich een eindje verwijderd van de primers.
Het ontbrekende stukje tussen primers en probe wordt door het Taq polymerase aangevuld. Op het ogenblik wanneer de string volledig is gekopieerd laat de probe zijn fluorescent label los.
Op het einde van de cyclus bekomt men zo een kopij die in de volgende cyclus samen met het origineel gebruikt wordt om opnieuw gekopieerd te worden. Aangezien het aantal kopijen telkens verdubbelt tijdens opeenvolgende cycli neemt de fluorescentie exponentieel toe.
Naarmate de cycli vorderen geraken de reagentia echter opgebruikt en vormen een limiterende factor voor de exponentiële toename, de toename van fluorescentie vertraagt en dit steeds sneller.
R&ndy legt het ook nog eens omstandig uit in dit filmpje.