Hoewel het als een digitale wereld wordt voorgesteld – positief/negatief, het gezochte stukje is aanwezig of is dat niet – is deze helemaal niet zo digitaal. Er is altijd ruis in de achtergrond, anders gezegd er is altijd een (zwak) signaal dat niets te maken heeft met wat er gezocht wordt. Dat is zo met elke meettechniek, en bij PCR is dit het gevolg van aspecifieke binding van primers en probe.
Bij PCR krijgt dit fenomeen een belangrijk staartje. We hebben immers te maken met een amplificatietechniek, een meetmethode waarbij het signaal stelselmatig versterkt wordt. Niet zomaar versterkt, maar exponentieel versterkt. Als je maar lang genoeg amplificeert (het aantal cycli opdrijft) zal uiteindelijk ook het ruissignaal boven de threshold uitstijgen een dus positief lijken.
Daarom stoppen we (bij conventie) bij 40 cycli en wordt het staal negatief beschouwd.